El recorrido se organiza en cuatro áreas temáticas y diez sectores. La primera de las áreas está dedicada a presentar temas generales, que ayudan al visitante a situar Nerja en su contexto geográfico e histórico. Las áreas segunda y tercera incluyen una serie de temas monográficos que han sido los protagonistas indiscutibles del entorno en su devenir histórico y, por tanto, han moldeado su contemporaneidad. La última de las áreas es un espacio de carácter informativo sobre los lugares y temas de interés que ofrecen Nerja y su entorno en la actualidad.
Espacio de recepción, bienvenida y toma de contacto con el contenido del Museo.
Presenta las características y virtudes naturales que ofrece Nerja y su entorno, a través de un espectáculo multimedia del territorio de Nerja y de la Axarquía.

Realiza un recorrido cronológico por los distintos períodos de la historia de Nerja y su entorno, desde los primeros asentamientos prehistóricos hasta la actualidad. Este espacio cuenta con piezas originales de la Prehistoria, de la Antigüedad, de la Edad Media y de la Edad Moderna.

Ofrece una galería de los personajes históricos que reflejan las figuras más representativas implantadas en Nerja y en la Axarquía, desde la Prehistoria hasta la actualidad.
Refleja la transformación de la comarca de la Axarquía durante ocho siglos de cultura musulmana.

Muestra el importante desarrollo turístico que se produjo en la zona a partir de los años 60, sobre todo tras el descubrimiento de la Cueva de Nerja.
Las plantas, los sistemas de cultivo y la tierra cultivada son los protagonistas de este sector, en el que se explican, entre otros aspectos, la evolución desde el paisaje original a las tierras cultivadas y los sistemas de cultivo y regadío utilizados en Nerja y la comarca.
El mar es el hilo conductor de este sector que incluye, entre otros elementos, aparejos y útiles de pesca y reproducciones de las especies más pescadas a lo largo de la historia.

Se reconstruyen los procesos de conversión de materias primas en productos tradicionales de la comarca. Incluye audiovisuales explicativos de diversos procesos industriales, como la producción de garum o de seda, además de piezas originales relacionadas con la industria de transformación.
Este último ámbito expositivo ofrece información sobre la oferta cultural y natural que ofrece Nerja y su entorno. Cuenta con un escáner interactivo sobre una imagen de gran formato del territorio.