El mundo microscópico alberga una compleja y numerosa comunidad de seres vivos capaces de colonizar prácticamente todos y cada uno de los medios presentes en el planeta, incluido el mundo subterráneo. Este conjunto, formado principalmente por bacterias, algas, cianofíceas y hongos, suelen encontrarse rodeados de una matriz extracelular y formando parte de una estructura organizada y estable denominada biofilm, que ofrece mayor protección a los microorganismos frente a factores externos. En las cuevas, las comunidades microbiológicas pueden participar en procesos de construcción o destrucción de espeleotemas o estar directamente relacionadas con el estado de conservación de las pinturas rupestres. El empleo de técnicas moleculares, en especial la amplificación del ADN, y el uso de la microscopía confocal, ha permitido aumentar de un modo significativo el conocimiento sobre los microorganismos que participan en procesos kársticos (Piñar et al., 2002; Laiz et al., 2003). En la Cueva de Nerja, los objetivos de la investigación microbiológica son la conservación del Patrimonio Natural y Arqueológico que alberga la cavidad y el análisis de la calidad del aire.
El análisis de la calidad del aire del interior de la Cueva de Nerja se centra, en especial, en las Galerías Turísticas, visitadas por casi 500.0000 personas al año. El empleo de programas estadísticos informáticos ha permitido la elaboración de modelos predictivos para la concentración microbiológica en el aire del interior de la Cueva de Nerja, en relación con diversos parámetros medioambientales. Para el análisis de aire se emplea un captador por impacto, que siembra directamente los microorganismos en un medio de cultivo adecuado para su desarrollo. El estudio de las placas de cultivo tras ser incubadas, permite realizar una estimación de la calidad del aire en el interior de la cavidad. Además, durante los períodos de mayor visitabilidad, se realizan muestreos adicionales específicos para la detección de patógenos tanto en el aire como en el agua del interior de la Cueva. Los trabajos realizados en este sentido, (Marín y del Rosal, 2002; Marín, Martínez-Manzanares y del Rosal, 2003, 2004 y 2005; Docampo, 2008), muestran la presencia, en el interior de la Cueva de Nerja, de un medioambiente aéreo ausente de factores de riesgo para la salud de las personas.
El estudio de la microbiología del suelo o de la superficie de los espeleotemas, se inició en la década de los 90 (Ojeda, 1991) y en la actualidad, gran parte de su trabajo se dirige al control de los biofilms fotosintéticos que colonizan la superficie de los espeleotemas. La presencia de estos microorganismos, agrupados en biofilms y fácilmente detectables por su pigmentación verde, es habitual en la mayoría de cuevas turísticas, como consecuencia de la instalación de focos de luz eléctrica.

El agua y la luz favorece el desarrollo de los biofilms fotosintéticos.
La metodología de trabajo se basa principalmente en estudios de microscopia óptica, confocal y electrónica, así como en la ampliación y análisis del ADN (Hernández-Mariné et al., 2004; Horath et al., 2005; Roldán et al., 2004; Roldán et al., 2006). En la Cueva de Nerja se realiza, desde hace años, un control sobre el desarrollo de estas colonias. El resultado de los trabajos realizados muestra un comportamiento estacional de los biofilms, que suelen aumentar su tamaño durante épocas de mayor humedad ambiental. Dentro de las actuaciones llevadas a cabo para controlar su desarrollo se encuentra, entre otras, la instalación de un sistema de iluminación con luz fría.

Los pigmentos fotosintéticos y el empleo de técnicas de microscopia, permiten conocer el grado de colonización del interior de los espeleotemas.

Imagen de microscopía confocal.

Imagen de microscopía electrónica de barrido (SEM)